به دنبال استعفاي دولت موقت به دليل تسخير لانه جاسوسي آمريكا در تهران توسط دانشجويان پيرو خط امام، شوراي انقلاب به دستور حضرت امام خميني(ره)، مديريت اجرايي كشور را برعهده گرفت و پس از چندي اولين انتخابات رياست جمهوري در پنجم بهمن 1358 ش برگزار گرديد.
به دنبال استعفاي دولت موقت به دليل تسخير لانه جاسوسي آمريكا در تهران توسط دانشجويان پيرو خط امام، شوراي انقلاب به دستور حضرت امام خميني(ره)، مديريت اجرايي كشور را برعهده گرفت و پس از چندي اولين انتخابات رياست جمهوري در پنجم بهمن 1358 ش برگزار گرديد. در اين انتخابات ابوالحسن بني صدر كه پس از اقامت پانزده ساله در فرانسه به ايران بازگشته و با تظاهر به وفاداري به انقلاب، نظام، مردم و رهبري توانسته بود به پست هاي حساسي دست يابد با كسب 76 درصد آرا به رياست جمهوري برگزيده شد. عناوين اولين رييس جمهور ايران و فرمانده كل نيروهاي مسلح و … سبب شد كه به زودي هويت اصلي خود را نشان داده و با تكيه بر قدرتي كه از مردم براي خدمت به آنان به دست آورده بود، خود را محور نظام ناميده و به سركوبي و وارد آوردن اتهام به مخالفانش مشغول گردد. اين روند، مخالفت نيروهاي انقلابي و ارزشي نظام را برانگيخت و پس از مدتي و علي رغم آغاز جنگ تحميلي، اين كشمكش ها حتي با وساطت حضرت امام نيز پايان نيافت. طرفداران بني صدر در اين مدت بارها جوّ اغتشاش و نا امني را در كشور به راه انداخته و سعي در خارج كردن مخالفان از صحنه و كسب قدرت بيشتر بودند. همسويي و همكاري بني صدر با گروه منافقين موسوم به سازمان مجاهدين خلق، دامن زدن به تشنجات و درگيري ها در كشور، كوتاهي در دفاع از مرزهاي ايران و عدم ممانعت از تجاوز رژيم بعث عراق در جريان جنگ تحميلي، در نهايت باعث شد تا طرح عدم كفايت سياسي بني صدر در مجلس شوراي اسلامي مورد بحث قرار گرفته و به تصويب رسد. اين در حالي بود كه حضرت امام، در بيستم خرداد 1360، وي را از فرماندهي كل قوا كه از جانب ولي فقيه به رييس جمهور تفويض شده بود، خلع نمودند. سرانجام و با رأي عدم كفايت سياسي بني صدر در مجلس، حضرت امام، اين عنصر توطئه گر و فريب كار را در اول تيرماه 1360 از رياست جمهوري عزل كردند. از اين زمان اتحاد بيشتر بني صدر و گروه منافقين باعث به شهادت رساندن تعداد زيادي از مسؤولان عالي رتبه نظام گرديد، تا اين كه وي به همراه سركرده مجاهدين خلق در هفتم مرداد 1360 با چهره اي مبدل و زنانه از كشور گريخت و مقيم فرانسه شد. پس از فرار مفتضحانه بني صدر، مردم انقلابي و مسلمان ايران با حضور در پاي صندوق هاي رأي، برادر محمد علي رجايي را با آراء قاطع خود به رياست جمهوري انتخاب كرده و بر حضور خود فروختگان و خودباختگان در مسؤوليت هاي بالاي نظام خاتمه دادند.