پس از مدت ها اختلاف بين مسؤولان انقلابي نظام اسلامي و بني صدر، رييس جمهور خائن و طرفداران او، همچنين سوء مديريت در جنگ و نيز موضع گيري عليه اهداف نظام اسلامي، حضرت امام خميني(ره) در 20 خرداد 1360، پس از مشورت با مسؤولان عالي رتبه نظام، وي را از فرمان
پس از مدت ها اختلاف بين مسؤولان انقلابي نظام اسلامي و بني صدر، رييس جمهور خائن و طرفداران او، همچنين سوء مديريت در جنگ و نيز موضع گيري عليه اهداف نظام اسلامي، حضرت امام خميني(ره) در 20 خرداد 1360، پس از مشورت با مسؤولان عالي رتبه نظام، وي را از فرماندهي كل قوا، كه به نيابت از ولي فقيه در اختيار او بود، بر كنار نمودند. اين عمل حضرت امام، واكنش منفي بني صدر را برانگيخت و به جاي آن كه در صدد اصلاح خود و پايان دادن به كارشكني ها و مخالفت هاي خود باشد، به حكم امام بي اعتنايي نمود كه اين امر بر نمايندگان انقلابي مجلس شوراي اسلامي گران آمد. از اين رو در 24 خرداد، درخواست طرح عدم كفايت سياسي او را در مجلس عنوان نمودند. در اين ميان هر چند برخي نمايندگانِ هوادار بني صدر و طرفداران او در خارج از مجلس، بر عدم طرح اين مسأله در مجلس تلاش كردند ولي در نهايت، نمايندگان پيرو امام خميني و نظام اسلامي در مجلس شوراي اسلامي در 31 خرداد 1360 رأي به عدم كفايت سياسي بني صدر داده و اين حكم را به حضرت امام ارسال داشتند. فرداي آن روز در اول تيرماه، حضرت امام خميني(ره)، طي پيامي اين مهره دست نشانده اجانب را از رياست جمهوري عزل كردند. ايشان در آن پيام فرمودند: "پس از راي اكثريت قاطع نمايندگان مجلس به عدم كفايت سياسي بني صدر، ايشان را از رياست جمهوري عزل نمودم. " بني صدر كه از بازداشت و محاكمه خود هراسان بود، پس از پنج هفته اختفاء، با لباس و آرايش زنانه و با هماهنگي عوامل مزدور خويش و با ربودن يك هواپيماي متعلق به جمهوري اسلامي ايران، با كوله باري از خيانت به ملت، در 7 مرداد 1360 از ايران به فرانسه گريخت و در آنجا عمليات ضد نظام را با همكاري منافقين ادامه داد.