پس از شهادت شهيد رجايي و شهيد باهنر در 8 شهريور 1360، به پيشنهاد تعدادي از اعضاي مركزي حزب جمهوري اسلامي و اجازه حضرت امام، آيت اللَّه خامنه اي از طرف روحانيت و ساير نهادهاي انقلابي نامزد رياست جمهوري گرديد و با راي عظيم و بي نظير مردم، به عنوان سومي
پس از شهادت شهيد رجايي و شهيد باهنر در 8 شهريور 1360، به پيشنهاد تعدادي از اعضاي مركزي حزب جمهوري اسلامي و اجازه حضرت امام، آيت اللَّه خامنه اي از طرف روحانيت و ساير نهادهاي انقلابي نامزد رياست جمهوري گرديد و با راي عظيم و بي نظير مردم، به عنوان سومين رييس جمهوري اسلامي ايران انتخاب شدند. همچنين ايشان در 25 مرداد 1364 و براي دومين بار به دليل لياقت و كارداني، به دستور حضرت امام، كانديداي رياست جمهوري شد و با راي قاطع مردم به اين پست برگزيده شدند. مقام معظم رهبري در طول رياست جمهوري خويش به كشورهايي چون سوريه، ليبي، پاكستان، هند، چين، الجزاير، زيمبابوه، روماني، كره شمالي و آمريكا (براي ايراد نطق تاريخي خويش در اجلاس مجمع عمومي سازمان ملل متحد) سفر كرده و پيام رسان انقلاب اسلامي بودند. در نهايت حضرت آيت اللَّه خامنه اي در سال آخر رياست جمهوري، پس از ارتحال حضرت امام خميني، از طرف مجلس خبرگان رهبري، به رهبري نظام اسلامي انتخاب شدند و تا امروز با عزت و قوت، هدايت جامعه اسلامي را برعهده دارند.